经颅磁刺激技术得到了广泛的使用，国内的经颅磁刺激技术达到世界先进水平，在神经心理科(抑郁症、精分症)、康复科、儿科(脑瘫，自闭症等)等各个方面都得到了应用。其中对抑郁症、睡眠障碍等疾病的疗效，作为一种非药物治疗在临床取得了可喜的成绩。
临床诊断
TMS作为新的神经电生理技术，与肌电图诱发电位仪结合新开辟的检查项目有：
(1)运动诱发电位(MEP)是刺激运动皮质在靶肌记录到的肌肉运动复合电位;检查运动神经从皮质到肌肉的传递、传导通路的整体同步性和完整性。
(2)中枢运动传导时间(CMCT)
(3)运动阈值(MT)，是指在靶肌记录到大于50uV MEP时最小头部磁刺激强度，一般靶肌常用拇指展肌，刺激部位常为C3C4区附近。反应中枢运动神经兴奋性。
(4)成对刺激和皮质间的抑制和易化(ICI/ICF )
(5)中枢静息期(CSP)
临床应用
TMS可以治疗精神分裂症(阴性症状)、抑郁症、强迫症、躁狂症、创伤后应激障碍(PTSD)等精神疾病，其中对抑郁症的治疗在美国已经通过FDA的认证，治愈率为20%，治疗有效率可以高达100%。在国内广州脑科医院、湖南脑科医院、上海精神卫生中心、北京安定医院、北大六院等各大精神病医院都开展了相关治疗，并且在临床上取得了可喜的成绩。
其他领域
除了我们现有的应用之外，TMS独特的技术优势，使的在科研及成瘾戒毒等方面都有着广阔的空间。
科研课题有：TMS与情绪、疲劳、麻醉药物、认知研究、躯体感觉皮层、毒品、成瘾性等。
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